중소기업 취업 청년 소득세 90% 감면 제도: 조건·신청기한·주의할 점 총정리

중소기업에 취업한 청년이라면 꼭 알아야 할 소득세 90% 감면 제도를 정리했습니다.
대상 요건, 나이·회사·업종 기준, 감면 기간·금액, 신청 방법(홈택스·신청서), 자주 하는 오해와 주의점까지 2025년 기준으로 자세히 설명한 청년 소득세 감면 완벽 가이드입니다.

중소기업에 취업한 청년이라면 꼭 챙겨야 할 세제 혜택이 있습니다.
바로 “청년 중소기업 취업자 소득세 90% 감면 제도”입니다.

이 제도는 중소기업에 새로 취업한 청년의 근로소득에 대해 최대 5년 동안, 매년 최대 200만 원 한도로 소득세의 90%를 깎아주는 제도입니다.

 

즉, 월급은 그대로인데 월급에서 빠져나가는 세금이 크게 줄어드는 효과가 있습니다.
같은 연봉이라도 이 제도를 적용받는 청년은 손에 쥐는 실수령액이 훨씬 커집니다.

이 글에서는 2025년 기준으로 누가, 어떤 회사에서, 얼마나, 어떻게 신청하면 되는지와
실무에서 자주 놓치는 주의사항·오해 포인트까지 한 번에 정리해 드리겠습니다.

1. 중소기업 취업청년 소득세 90% 감면 제도는 어떤 제도인가?

이 제도는 「조세특례제한법」 제30조에 근거한 제도로,
청년·고령자·장애인·경력단절 근로자가 중소기업에 취업하면 소득세를 일정 부분 감면해 주는 제도입니다. 그 중에서도 청년은 가장 강력한 혜택(5년간 90% 감면)을 받습니다.

• 대상 소득: 중소기업으로부터 받는 근로소득
• 감면 기간: 취업일이 속하는 달부터 최대 5년(청년 기준)
• 감면율: 소득세의 90% 감면(청년)
• 연간 한도: 과세기간(1년)당 200만 원 한도

또한 현재 법령상 이 제도는 2012년 1월 1일부터 2026년 12월 31일 사이에 중소기업에 취업한 사람에게 적용됩니다.

<핵심 요약>

“만 34세 이하 청년이 2026년 12월 31일 이전에 기준에 맞는 중소기업에 취업하면,
그 회사에서 받는 급여에 대한 소득세를 최대 5년 동안 90%까지 깎아준다.”

2. 중소기업 취업청년 소득세 90% 감면 누가 받을 수 있나? (근로자 자격 요건)

1) 청년 나이 기준

청년의 기준은 근로계약 체결일 현재 만 15세 이상 34세 이하입니다.

다만 남성의 경우 병역 복무 기간(최대 6년)을 나이에서 빼고 계산합니다.
예를 들어,

• 만 36세 남성이 군 복무 2년을 마치고 중소기업에 취업했다면
  → 36세 – 2년 = “34세”로 간주 → 청년 요건 충족 가능

2) 취업 시기 요건

• 청년이 중소기업에 최초로 취업한 날짜가
  2012년 1월 1일 ~ 2026년 12월 31일 사이여야 합니다.

이미 오래 전(2011년 이전)부터 중소기업에서 일하고 있었다면 이 제도를 새로 적용받을 수 없습니다.

3) “근로소득자”여야 함

이 제도는 근로계약(직원 신분)으로 급여를 받는 근로소득자에게만 적용됩니다.

다음은 대상에서 제외됩니다.

• 일용근로자(소득세법상 일용직)
• 프리랜서·개인사업자(근로소득이 아닌 경우)
• 4대보험 가입이 확인되지 않는 경우
• 임원, 최대주주 및 그 가족(특수관계인)

국세청 안내에 따르면, 임원·최대주주의 직계존·비속 등 특수관계인, 일용직, 국민연금·건강보험 직장가입 사실이 없는 경우는 감면 대상에서 제외됩니다.

3. 어떤 회사에 다녀야 하나? (기업 요건)

청년이 아무 회사나 다닌다고 이 혜택을 받을 수는 없습니다.
다니는 회사 자체가 ‘감면 대상 중소기업’이어야 합니다.

1) 중소기업기본법상 중소기업이어야 함

• 「중소기업기본법」 제2조 기준을 충족하는 중소기업
• 국가, 지자체, 공공기관, 지방공기업 등은 제외됩니다.

매출 규모·상시근로자 수 등을 기준으로 판단하지만, 실무에서는 보통 회사 측(경리·세무 담당자)가 중소기업 여부를 알고 있는 경우가 많습니다.

2) 감면 대상 업종이어야 함

단순히 중소기업이라고 해서 모두 되는 것은 아니고,
조세특례제한법 시행령 제27조 제3항에 정해진 업종을 주된 사업으로 영위해야 합니다.

대표적인 감면 대상 업종은 다음과 같습니다.

• 농업·임업·어업
• 광업
• 제조업
• 전기·가스·수도·폐기물 처리업
• 건설업
• 도매 및 소매업
• 운수 및 창고업(통관업 제외)
• 숙박 및 음식점업(주점업 제외)
• 정보통신업(비디오감상실, 가상자산 매매·중개 제외)
• 부동산업(부동산 임대업 제외)
• 연구개발업, 광고업, 시장조사 및 여론조사업 등

즉, 대부분의 제조·IT·유통·서비스 중소기업은 포함되지만, 단순 부동산 임대, 주점, 일부 특수 업종은 제외될 수 있습니다.

4. 감면 내용 자세히 보기 – 5년간 90%, 연 200만 원 한도

1) 감면 기간

• 취업일부터 5년이 되는 날이 속하는 달까지 발생한 소득에 대해 감면 적용
• 중간에 이직을 하더라도 최초 취업일 기준으로 5년 안에 다른 중소기업으로 이직하면 잔여 기간 동안 계속 감면 가능합니다.

예를 들어,

• 2023년 3월 1일 A중소기업에 입사 → 2년 근무 후 2025년 3월 1일 B중소기업으로 이직
• 최초 취업일 2023년 3월 1일 기준으로 5년(2028년 2월 말)까지는,
  조건만 맞으면 B회사에서도 감면 적용 가능

2) 감면율과 한도

• 청년: 소득세의 90% 감면, 연간 최대 200만 원까지

예를 들어,

• 연 소득세가 150만 원이라면 → 150만 원의 90% = 135만 원 감면
  → 실제로는 15만 원만 내면 됨
• 연 소득세가 300만 원이라면
  → 300만 원의 90% = 270만 원이지만, 연 200만 원 한도 때문에
  → 200만 원까지만 감면, 나머지 100만 원은 납부

즉, 연봉이 높을수록 “최대 연 200만 원” 한도까지 빨리 도달하게 됩니다.

5. 어떻게 신청하나? (근로자·회사 역할)

이 제도는 자동 적용이 아니라 “신청해야만” 적용됩니다.

1) 근로자(직원)가 할 일

1. 회사가 중소기업·대상 업종인지 확인
2. 인사·총무·경리 담당자에게 “청년 중소기업 취업자 소득세 감면 신청을 하고 싶다”고 요청
3. 국세청 서식인 「중소기업 취업자 소득세 감면신청서」 작성 후 회사에 제출
4. 필요 시 병역 복무기간 증빙(병적증명서) 등 추가 서류 제출

2) 회사(원천징수의무자)가 할 일

• 국세청 홈택스에 접속해
  「중소기업취업자에 대한 소득세 감면명세서」를 작성·제출해야 합니다.

홈택스 경로 예시(회계·경리 담당자 기준):

1. 홈택스 로그인(공동인증서)
2. 지급명세·자료·공익법인 → 원천세 관련 자료제출 →
   ‘중소기업취업자에 대한 소득세 감면명세서 제출/내역조회’ 선택
3. 사업장 기본정보 입력 후, 감면 대상 근로자 정보 입력
4. 과세자료 작성 완료 후 제출

이 절차를 회사가 해주지 않으면, 연말정산 때 감면이 적용되지 않을 수 있습니다.

3) 이미 지나간 연도에도 신청 가능할까?

• 과거에 감면 신청을 놓쳤더라도,
  경정청구(세금 다시 계산 요청)를 통해 환급을 받을 수 있는 경우가 있습니다.

다만, 법정 경정청구 기간(보통 납부일로부터 5년 이내 등)을 넘겼는지 여부에 따라 달라질 수 있으므로,
이 경우에는 세무서나 세무사에게 구체적으로 문의하는 것이 안전합니다.

6. 자주 하는 오해 & 주의할 점

1) “이미 중소기업 다닌 지 오래인데, 지금이라도 받을 수 있나요?”

• 이 제도는 “2012년 1월 1일 이후에 중소기업에 신규 취업한 청년”에게 적용됩니다.
• 2011년까지 이미 그 회사에서 근무 중이었다면 새로 적용받기는 어렵습니다.

2) “아버지 회사에서 일하는데 저도 청년이니 되는 거 아닌가요?”

• 국세청·세무법인 해석에 따르면,
  해당 회사의 최대주주·대표자와 특수관계인(자녀 등)은 감면 대상에서 제외됩니다.

즉, 가족회사·가업승계 구조에서는 청년 감면 적용이 안 되는 경우가 많습니다.

3) “프리랜서인데 3.3% 떼고 있어요, 저도 되나요?”

• 원칙적으로 근로소득(근로계약)만 대상입니다.
• 프리랜서(사업소득·기타소득)는 이 제도의 대상이 아닙니다.

4) “일용직인데, 중소기업이래요”

• 일용근로자는 법에서 명시적으로 제외됩니다.

5) “회사에서 신청 안 해주면 못 받나요?”

• 원칙적으로는 회사가 홈택스로 감면명세서를 제출해야 합니다.
• 만약 회사가 협조하지 않거나 이미 퇴사한 경우,
  근로자가 직접 세무서에 경정청구로 신청하는 방법도 있으니,
  국세청 상담센터나 세무사와 상의하는 것이 좋습니다.

7. 청년에게 이 제도가 중요한 이유

1. 실수령액이 즉시 늘어난다
   • 같은 연봉이라도, 소득세 90% 감면을 5년 받으면 누적 수백만 원 차이가 납니다.
2. 중소기업 취업의 실질적 인센티브
   • 대기업 대비 연봉 차이가 있더라도 세금 감면으로 어느 정도 보전 가능.
3. 연말정산·세테크의 핵심 한 축
   • 청년 우대형 통장, 청년 전·월세 공제와 함께 챙겨야 할 대표적인 청년 세제 혜택입니다.

8. 실무적으로 꼭 챙겨야 할 체크리스트

마지막으로, 실제로 일을 시작했거나 곧 중소기업에 입사하는 청년이라면
다음 항목을 꼭 체크해 보세요.

1. 입사일 기준 나이가 만 15~34세(군복무 제외 시 34세 이하)인가?
2. 다니는 회사가 법상 중소기업 + 감면 대상 업종에 해당하는가?
3. 근로계약을 맺고 정규직/계약직 근로소득자인가? (일용·프리랜서 X)
4. 입사 후 “중소기업 취업자 소득세 감면신청서”를 회사에 제출했는가?
5. 연말 급여명세서나 연말정산 내역에서 소득세가 감면된 것(또는 거의 안 빠져나가는 것)을 확인했는가?
6. 과거에 이미 대상이었는데 신청을 놓쳤다면, 경정청구 가능 여부를 확인해 보았는가?